Năm 1939, một lực lượng bí ẩn bỗng nhiên xuất hiện trên trái đất. Mọi người gọi chúng là Neuroi. Chẳng mấy chóc, chúng đã đánh chiếm được gần như toàn bộ châu Âu. Để chống lại Neuroi, con người đã đã phát triển một loại vũ khí mới chỉ có thể được sử dụng bởi Witch – các cô gái sở hữu ma lực, được gọi là Striker Unit. Kể từ đó, các Witch từ khắp nơi trên thế giới đã quy tụ để sử dụng các striker unit này chóng lại Neuroi. Một trong số đó là một phi đội liên hợp ưu tú của quân đồng minh mang số hiệu 501. Sau khi tiêu diệt mối họa từ ổ Neuroi ở Venezia, Yoshika Miyafuji đã giải ngũ để về học trường y, với mong muốn có thể giúp đỡ mọi người kể cả khi cô không còn ma thuật. Tại phần này, cuối cùng chiến dịch tiến đánh lấy lại Berlin của quân đồng minh đã khởi động, và phi đội liên hợp 501 một lần nữa được tại hợp. Yoshika Miyafuji tiếp tục cùng mọi người ra trận.
